近日，汕头大学理学院王慧教授团队在国际生物学权威期刊《Nucleic Acids Research》上在线发表题为“Tree Visualization By One Table (tvBOT): a web application for visualizing, modifying and annotating phylogenetic trees”的论文。该论文介绍了课题组自主开发的一个用户友好、高效的在线应用生物学工具——tvBOT，用于可视化、修改和注释系统发育树。

系统发育树与其它注释信息相结合，在生物学和其它科学研究中发挥着重要作用。在过去的几年中，有许多软件包、库和在线工具被开发出来用于可视化系统发育树，例如ggtree、iTOL、EvolView和PhyloCloud等。然而，它们中的大多数都不能提供一个用户友好且高效的方法来准备注释数据和调整样式。大多数在线工具，如iTOL和EvolView，使用了嵌入样式数据和语法数据的模板文件来进行树的注释，导致用户在添加不同的注释数据集时需要学习不同格式的模板文件。这不仅增加了学习成本，还耗费了嵌入这些数据的时间。此外，对于编程语言包来说，虽然拥有更高的自定义能力，但是它们对非编程人员并不友好，在样式调整上花费的时间也要比交互式用户界面多得多。

王慧教授团队针对上述的不足，自主开发了名为tvBOT的线上免费可视化平台(https://www.chiplot.online/tvbot.html)。该工具最大的特色是统一了注释数据的格式，同时分离了样式数据，用户不需要提供冗余的样式和语法数据，所有不同的注释数据集数据都能整理在一张单独的表格中。这不仅大大节省了准备数据的时间，统一的数据格式也降低了该工具的学习成本。此外，tvBOT支持实时更新和渲染，所有的样式调整都可以在一个高交互性的用户界面上进行，并支持iPad等移动设备。tvBOT支持26种注释数据集类型的组合展示，从而实现复杂的系统发育数据可视化。除了可以导出发表级别的图片格式外，还支持导出JSON格式保存最终的绘图状态及相关数据，这些数据可以与其他用户共享，也可以重新上传恢复之前的绘图状态并进行重编辑，或者用作样式模板对其它进化树进行快速美化。

该论文以汕头大学为唯一作者单位，王慧教授为论文通讯作者，2022级博士研究生谢建民为论文第一作者。王慧教授课题组一直以来注重使用生物信息学手段，解决海洋微生物学领域的关键科学问题，特别是海洋浮游植物与细菌之间的相互作用。该工具的成功开发，可以为课题组以及国内外相关领域的研究者提供便捷。审稿过程中，三位评审人均给予了高度评价，并表示“My research team will certainly be using from now on（本研究团队即日起肯定也会使用此工具）”。文章发表前，测试网站已被引用20余次。

该项研究得到国家自然科学基金重大研究计划培育项目、面上项目、广东省自然科学基金杰出青年基金项目的资助。

文章链接：https://doi.org/10.1093/nar/gkad359。

文 谢建民 蔡润林 王慧

图 汕头大学理学院微生物相互作用与技术实验室